Tịnh độ Cư sĩ Phật hội Việt Nam quản lý theo hệ thống từ trung ương xuống đến các chi hội tại 21 tỉnh/thành phố từ Khánh Hòa đến Cà Mau. Có 4 cấp quản lý là Ban Trị sự trung ương, cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã. đứng đầu Ban Trị sự Trung ương là ông Chánh Hội trưởng lãnh đạo chung. Đứng đầu các Ban Trị sự Tỉnh hội là ông Hội trưởng. Đứng đầu các ban cấp quận, huyện hội gọi là Trưởng ban Y tế phước thiện. Trụ sở chính đặt tại Tổ đình Hưng Minh Tự, số 45 đường Lý Chiêu Hoàng, phường 10,quận 6, thành phố Hồ Chí Minh.[3]

Cơ sở thờ tự của Giáo hội Tịnh độ Cư sĩ Phật hội Việt Nam được gọi là hội quán, hiện tại giáo hội có 206 hội quán, mỗi hội quán đều có 1 phòng thuốc Nam phước thiện. Trong hội quán, những cư sĩ hội viên làm công tác lãnh đạo được gọi là chức sắc, chức việc. Có sáu loại chức sắc hội viên: hội viên sáng lập, hội viên danh dự, hội viên phước thiện, hội viên tán trợ, hội viên hành sự, hội viên huấn đạo. Tín đồ được xem là những người theo đạo và có quy y.[3]